Вы как бы уже ответили на свой вопрос.
Да, все так, смена статуса для старых ссылок это удар по продвижению, даже 301 статус. Думаю, на таком количестве будет сильное падение позиций где то на 2-6 месяцев и восстановиться, но не знаю в полной ли мере. Важно что бы содержимое страниц(старой и новой) было одинаково, даже общий дизайн сайта поменьше трогать в такой период.
Да, можно новые публикации оформить в виде нового раздела сайта с новым инфоблоком. Можно совмещать два ЧПУ шаблона в одном старом инфоблоке, но это программист должен делать.
Как вам лучше поступить для сохранения позиций, это вопрос не о битриксе.