не выдается 404 ошибка, вместо нее выдается главная страница каталога
если в разных группах существует подгруппа с одинаковым url, например /razdel_1/podrazdel/ /razdel_2/podrazdel/ При переходе по второй ссылке выводится содержимое и хлебные крошки первого раздела
По пункту 3: Чтобы символьные коды разделов не повторялись, можно в настройках инфоблока включить проверку кода на уникальность. Ну а для уже имеющихся разделов коды нужно поправить. Приписать ИД раздела спереди, к примеру. Будет так: /razdel_1/123-podrazdel/ /razdel_2/456-podrazdel/
Настройки урлей для карты сайта берутся из настроек инфоблока, проверьте настройки урлей в инфоблоке, чтобы там стоял слеш вначале. Если там стоит #SITE_DIR# То проверьте настройки текущего сайта, чтобы в настройках стояла Папка сайта: /