Опустим для чего это нужно, иногда на самом деле требуют.
Налицо две проблемы.
1. В разных разделах разные ссылки на одну и ту же страницу.
2. Одна и та же страница открывается по разным ссылкам корректно.
Сначала нужно исправить пункт 1, потом уже пункт 2 (т.к. если исправить пункт 2, то у вас будет куча 404 на сайте).
Исправляем пункт 1.
Сначала проверьте, как у вас формируется ЧПУ. Возможно, туда подставляется код раздела из $_REQUEST, а не реальный код раздела, в котором находится элемент. Если вроде всё правильно, ссылка задается в настройках инфоблока, попробуйте задать её в настройках компонента. Если это не поможет, формируем ссылку вручную в result_modifier.php
Когда на сайте все ссылки на одну и ту же страницу одинаковы, можно поправить пункт 2.
Здесь в файле component_epilog.php компонента элемент каталога детально нужно сравнить код раздела из адрес страницы ($APPLICATION->GetCurPage(false)
Если они не совпадает - отдаём 404 заголовок и выводим 404-ю страницу, либо просто "элемент не найден". Можно это же сделать перед вызовом компонента, но придется сделать дополнительный запрос к БД, чтобы получить код раздела элемента.