когда сайт определяется по текущему доменному имени:

 <?
// подключим файл с классом CMainPage
require($_SERVER['DOCUMENT_ROOT']."/bitrix/modules/main/include/mainpage.php");

// получим идентификатор текущего сайта по доменному имени
$site_id = CMainPage::GetSiteByHost();

// получим абсолютный путь к индексной странице папки сайта
$page = CMainPage::GetIncludeSitePage($site_id);

// если сайт определен и определена индексная страница то
if(strlen($site_id)>0 && strlen($page)>0) 
{
    // подключим страницу
    require_once($page);
}
else // иначе если сайт не определен то
{
    require($_SERVER['DOCUMENT_ROOT']."/bitrix/header.php");
    // далее можно разместить код который будет отображаться если
    // сайт ранее не был определен
    ?>

    <?require($_SERVER['DOCUMENT_ROOT']."/bitrix/footer.php");
}
?>

Этот пример кода определяет доменное имя, по которому пришел посетитель, используя функцию CMainPage::GetSiteByHost, сверяет это доменное имя с именами, указанными в настройках сайтов в поле Доменное имя для определения ID сайта и производит включение в тело документа индексной страницы из папки соответствующего сайта, используя функцию CMainPage::GetIncludeSitePage.

В нашем примере это будет означать, что посетителю, пришедшему по адресу http://www.site1.com прямо в теле текущей страницы без редиректа будет представлена страница /s1/index.php. А посетителю, пришедшему по адресу http://www.site2.com - страница /s2/index.php.

Использование приведенного алгоритма позволяет избежать редиректов для пользователей и поисковых роботов, обеспечивает удобную работу c многосайтовой конфигурацией. Данный алгоритм является рекомендуемым, но не единственным при работе с многосайтовой версией.

когда сайт определяется по установленным в браузере посетителя языкам:

<?
// подключим файл с классом CMainPage
require($_SERVER['DOCUMENT_ROOT']."/bitrix/modules/main/include/mainpage.php");

// получим идентификатор сайта по Accept-Language
$site_id = CMainPage::GetSiteByAcceptLanguage();

// если сайт определен, то
if(strlen($site_id)>0) 
{
    // перенаправим на индексную страницу сайта
    CMainPage::RedirectToSite($site_id);
}
else // иначе если сайт не определен то
{
    require($_SERVER['DOCUMENT_ROOT']."/bitrix/header.php");
    // далее можно разместить код который будет отображаться если
    // сайт ранее не был определен
    ?>

    <?require($_SERVER['DOCUMENT_ROOT']."/bitrix/footer.php");
}
?>

В этом примере кода функция CMainPage::GetSiteByAcceptLanguage проверяет, какие языки установлены в настройках браузера посетителя, сравнивает с ID языка сайта и возвращает наиболее подходящий сайт.

После того, как сайт будет определен, функция CMainPage::RedirectToSite выполнит редирект (302 ответ веб-сервера) и переведет пользователя на индексную страницу папки указанного сайта, например, по адресу http://www.site1.com/s1/ или http://www.site2.com/s2/.

когда один из сайтов расположен в корне, остальные - в папках, но при этом хосты у сайтов одинаковые:

<?
// подключим файл с классом CMainPage
require($_SERVER['DOCUMENT_ROOT']."/bitrix/modules/main/include/mainpage.php");

// получим идентификатор текущего сайта по доменному имени
$mainpage_siteid = CMainPage::GetSiteByHost();

//если текущим сайтом является s2, то получим абсолютный путь к индексной странице папки сайта 
if ($mainpage_siteid != "s1" && $page = CMainPage::GetIncludeSitePage($mainpage_siteid)):
// подключим страницу
    require_once($page);
    die();
endif;

 require($_SERVER['DOCUMENT_ROOT']."/bitrix/header.php");
    // далее можно разместить обычный текст индексной страницы, 
    //которая будет подключаться, если активен тот сайт, который в корне ?>
    
 <?require($_SERVER['DOCUMENT_ROOT']."/bitrix/footer.php");
?>

В нашем примере если сайтом "по умолчанию" (из настроек сайтов) является /s2, то его индексная страница и будет вызвана.

Если ваши сайты являются, по сути, разными международными языковыми зеркалами, то вы можете использовать вариант определения сайта по установленным в браузере посетителя языкам.