Возможно, вы предпочитаете использовать запуск из командной строки вместо штатных инструментов резервного копирования? Учтите, что перед выполнением бэкапа вам обязательно необходимо перейти в папку, где установлено «Битрикс: Веб-окружение», иначе не подключатся нужные модули php.

Если «Битрикс: Веб-окружение» размещено по пути c:\Bitrix\, то нужно перейти в папку:

cd c:\Bitrix\

И выполнить бэкап без БД:

"C:\Bitrix\apache2\zendserver\bin\php.exe" -c "C:\Bitrix\apache2\zendserver\etc\php.ini" -f "C:\Bitrix\www\bitrix\modules\main\tools\backup.php"