Для удаления используется метод delete():

// удаление записи
$book = \Bitrix\Main\Test\Typography\BookTable::getByPrimary(1)
	->fetchObject();

$book->delete();

// удаление по primary ключу
$book = \Bitrix\Main\Test\Typography\Book::wakeUp(1);

$book->delete();

Из базы данных будет удалена только запись, соответствующая данному объекту. Если требуется удалить или предпринять иные действия с отношениями, то это нужно сделать явно.

Как и случае удаления через одноименный метод Table-класса, в этом случае сработают все нужные События. Поэтому дополнительные действия можно описать в обработчике события onDelete.