После создания первичной структуры приложения в папке приложения появится папка offline. В ней содержатся файлы следующей структуры A:

/myapp/offline/index.html
/myapp/offline/menu.html
/myapp/offline/script.js
/myapp/offline/style.css

Можно добавить свои файлы и новая структура будет выглядеть, например, вот так:

/myapp/offline/mydir/another_script.js
/myapp/offline/mydir/another_style.css
/myapp/offline/somedir/images/img.png
/myapp/offline/index.html
/myapp/offline/menu.html
/myapp/offline/script.js
/myapp/offline/style.css

Обозначим дополненную структура файлов буквой B.

another_script.js
another_style.css
img.png
index.html
menu.html
script.js
style.css