Оптимизация работы с базой данных MySQL является одной из важнейших стратегий в оптимизации системы в целом.

У каждого производителя базы данных есть целый раздел в документации, который посвящен вопросам производительности и оптимизации её работы.

Вы должны понимать, что типовая поставка базы данных обычно подразумевает минимальное серверное оборудование, минимальную память и диски. Т.е. стандартные конфигурации не учитывают возможности вашего оборудования и вашего приложения. Вы обязательно должны настраивать базу данных для обеспечения оптимальной работы.