По умолчанию в виртуальной машине cron уже включен. Для сайта по умолчанию настройки Cron хранятся в файле /etc/crontab. Для сайтов, созданных из меню, — в /etc/cron.d/bx_dbName, где dbName — имя базы данных сайта.

Если по каким-либо причинам нужно отключить эту службу или включить заново, то для этого необходимо:

• Перейти в главном меню в 8. Configure pool sites > 3. Change a site'a cron settings и ввести директорию сайта, для которого нужно отключить / включить службу cron.
• Согласиться на отключение / включение и дождаться пока задача будет выполнена:

  

Информацию о том, как настроить в продуктах «1С-Битрикс» обработку всех агентов на cron, можно прочитать здесь.