Чтобы проверить, содержит ли объект актуальное значение из базы данных, используется метод isFilled:

use \Bitrix\Main\Test\Typography\Book;

// актуальными считаются значения из методов fetch* и wakeUp
// в примере при инициализации объекта передается только первичный ключ
$book = Book::wakeUp(1);

var_dump($book->isTitleFilled());
// false

$book->fillTitle();

var_dump($book->isTitleFilled());
// true

Метод isChanged отвечает на вопрос, было ли установлено новое значение в течение сеанса:

use \Bitrix\Main\Test\Typography\Book;

// объект может иметь исходное значение, а может и не иметь
// это не повлияет на дальнешее поведение
$book = Book::wakeUp(['ID' => 1, 'TITLE' => 'Title 1']);

var_dump($book->isTitleChanged());
// false

$book->setTitle('New title 1');

var_dump($book->isTitleChanged());
// true

Такое поведение справедливо и для новых объектов, пока их значения не сохранены в базу данных.

Метод has проверяет, есть ли в объекте хоть какое-то значение поля - актуальное из БД или установленное в течение сеанса. По сути, это сокращение от isFilled() || isChanged():

use \Bitrix\Main\Test\Typography\Book;

$book = Book::wakeUp(['ID' => 1, 'TITLE' => 'Title 1']);
$book->setIsArchived(true);

var_dump($book->hasTitle());
// true

var_dump($book->hasIsArchived());
// true

var_dump($book->hasIsbn());
// false