Рассмотрим небольшой пример изменения заказа через API. Допустим, у нас есть заказ с идентификатором 38:

Составим код, с помощью которого будет добавлен комментарий и изменен флаг разрешения отгрузки в нашем заказе. Для этого нам достаточно с помощью метода load поднять заказ из базы данных по его идентификатору. Это действие сразу позволит нам манипулировать со всеми свойствами заказа. Так, с помощью метода setField добавим необходимый нам комментарий. Затем с помощью метода getShipmentCollection получим коллекцию отгрузок и для всех отгрузок, кроме системной, пометим флаг разрешения отгрузки (метод allowDelivery). После чего сохраним заказ с помощью метода save. Данный метод сохранит и заказ, и все связанные объекты (сохраняет именно те поля, которые были изменены):

Bitrix\Main\Loader::includeModule('sale');

$order = \Bitrix\Sale\Order::load(38);
$order->setField("USER_DESCRIPTION", "Доставить к подъезду");

$shipmentCollection = $order->getShipmentCollection();

/** @var Sale\Shipment $shipment */

foreach ($shipmentCollection as $shipment)
{
	if (!$shipment->isSystem())
		$shipment->allowDelivery();
}

$result = $order->save();
if (!$result->isSuccess())
{
	//$result->getErrors();
}

После выполнения вышеуказанного кода через командную php-строку наш заказ будет изменен соответствующим образом: