Задавая такие приближенноабстрактные вопросы, Вы ставите себя и других перед неразрешимой задачей.
Какой еще базы данных? MS Access? Только в ее базах данных, насколько мне известно, можно хранить файлы (хотя мне кажется там хранятся только ссылки и путем хитрющих манипуляций пользователей видит как бы сами файлы).
Ох! Так это же форум о "1С-Битрикс: КП". Может Вы имеете в виду Библиотеку Документов? Тогда почему обзываете ее базой данных?
Все же если это Библиотека Документов:
1) Что конкретно вы делаете (каким образом пытаетесь переносить файлы)?
2) Источник данных Библиотеки Документов: файловое хранилище или инфоблок?
3) Редакция продукта (кодировка)?
4) Пробовали ли перносить файлы через сетевые папки (самое элементарное, быстрое и надежное)?