Вообще странно, что умный фильтр вроде как работает только со свойством типа "Строка" в торговых предложениях. Конечно может только в стандартном магазине от Битрикса так... В вообще разложить свойства "Характеристики" (CML2_ATTRIBUTES) можно с помощью данного модуля - Разложение характеристик инфоблока с торговыми предложениями (SKU)