Долго сегодня ковырялся с проблемой исчезновения отгрузок на стороне битрикс, почему ни кто из битриксоидов не напишет чёрным по белому, что отгрузки относятся к юридическим лицам, у покупателя физическое лицо - не может быть отгрузок, поэтому при обмене, точнее при выгрузке заказа обратно на сайт, он просто удаляет отгрузки из заказа. Сделал заказ от юридического лица, отгрузки перестали удалятся, чтобы все работало, нужно очень хорошо вникнуть в то как работает модуль обмена, и правильно его настроить, тогда будет все как положено, всем удачи в настройке.