Столкнулся с вот с каким поведением системы - при первичной настройке модуля если запускаешь "Выполнить синхронизацию изменений", то все товары валит в кучу без разделов (если не настроено дерево групп). НО если запустить "Полную синхронизацию" - то создаются каталоги. И товары из главного каталога раскидываются по разделам. Попробуйте "Полную синхронизацию" предварительно отменив выгрузку и загрузку, контрагентов, сделок и прочего кроме товаров.