в общем всё оказалось просто (отработано на паре серверов), может пригодится топик кастеру
порядок обновления BitrixVM для того что бы сдружить с MSSQL (проверено для BitrixVM 7.1.0 и BitrixVM 7.2.2)
из menu.sh
обновить до BitrixVM 7.2.2
из menu.sh
выбрать версию php 7
завершится с ошибкой, это нормально (ну то есть нет)
из консоли руками
yum update
на все спорные вопросы конфигов отвечаем "q" (do default rpm action)
из menu.sh
выбрать версию php 7
теперь будет всё без ошибок
далее в /etc/php.d/
20-pdo.ini
30-pdo_dblib.ini
30-pdo_mysql.ini
вывести из disable
ребутнуть апач
service httpd restart
далее уже курить работу pdo с mssql и можно ломиться на сторонний mssql сервер