Столкнулся с такой проблемой, мне помогло следующее: Перешел в админке сайта по пути Настройки->Настройки продукта->Сайты->Список сайтов, далее выбрал изменения сайт на котором наблюдалась проблема и в поле "URL сервера (без http://)" поменял адрес сайта на "https://адрес-моего.сайта" сохранил изменения потом вернул все как было и порт подставляться перестал.
Думаю любое изменение должно помочь и не обязательно менять именно указанное поле. К сожалению не смог повторить ситуацию больше, чтобы разобраться в деталях.
Ваш сайт работает на BitrixVM/BitrixENV по теме ветки вероятно. Тогда: Разработчиками окружения предусмотрено решение соответствующее утверждению: "Если подключен сертификат, то сайт должен работать только по HTTPS"
Нужно ОТКЛЮЧИТЬ_ПРОТОКОЛ_HTTP - И все Здесь это трактуется так: Зайти в окружение (на сервер и запустить menu.sh - автозапуск при входе)
"6. Configure pool sites -> 5. Change a site's https settings"
Система спросит: "Отключить доступ по HTTP?" Подтверждаете, и спокойно все работает
Сайт отзывается по HTTPS, переадресация автоматически site.ru -> https://site.ru
Так же легко отключается головная боль www.site.ru -> https://site.ru (Переадресация с www на домен без www) в панели управления Админке.