0. А зачем вам вообще их выводить на страницу?Не логичнее было бы после загрузки страницы выполнить аякс запрос и отобразить? Это же даст профит по скорости.
1. Страница кешируется не вся целиком, правильнее будет сказать кешируется "по компонентно". Я так понимаю вы эти комментарии на детальной странице товара показываете.т.е. компонент catalog.element. Вот в его шаблоне есть (если нет то можно создать) файл component_epilog.php этот код не будет кешироваться. Если в этом файле каких то данных будет не хватать, погуглите "как передать значение из result_modifier.php в component_epilog.php
3. Если уж вам хочется сразу при формировании страницы показать комментарии, а не переводить на аякс. То кешировать надо. А если у вас последний комментарий год назад? И кроме него и миллионы,на каждом хите запрос? Тут очень подходит механизм управляемого кеша и композит.
ps Это все есть в документации