Как открыть директорию расположения файлов сайта на VMbitrix?

Это можно сделать несколькими способами в вашем случае:

Просмотр директорий:
берем winSCP для win - выбираем SFTP и используем логин/пароль от Виртуальной машины. идем в home/bitrix/ваш_сайт/ и смотрите ваши файлы.
Из админки так же можно посмотреть файлы сайта, но редактировать их там - так себе удовольствие

А вот если нужен фтп, то ставим его руками в зависимости от используемой системы, например pure-ftpd/proftpd