Теперь все ясно. Лог в папке /bitrix/ - файл вида site_checker_b4795dcec7806b8339781b7702ae8928.log, если несколько - смотрите последний по дате. Агент раз в сутки запускает проверку основных параметров. Причина, скорее всего, в том, что агенты настроены на крон, а конфиг PHP при запуске из крона не соответствует рекомендациям Битрикса. Подробнее - в логе, там видно будет в чем проблема и куда копать.