Столкнулся с подобной проблемой но к сожалению проставление этого свойства даже в max_input_vars = 10000 не помогает, причем само свойство применяется это видно из phpinfo() но вот сам эффект некуда не пропал, после достижения количества свойств около 300 свойства отказываются создаваться и вверху формы появляется сообщение типа (Ошибка ([14] ALTER TABLE b_iblock_element_prop_s6 ADD PROPERTY_333 text, ADD DESCRIPTION_333 varchar(255) ) добавления свойства 333.) ...