Рамазан Рамазанов, неприятная ситуация =) У нас в подобные проблемы чаще всего решаются сменой урлов карточек товаров на /catalog/#ELEMENT_ID#.html с последующим редиректом со старых урлов на новые.
В этом случае карточки товара будут всегда находиться по одному адресу, вне зависимости от того, к скольким разделам они привязаны.
Обновился до iblock (17.0.0), теперь из хлебных крошек исчезли разделы Файла /bitrix/components/bitrix/catalog.element/component.php нет вообще - это нормально или он мог быть удален в процессе обновления из-за внесенных ранее изменений?