Посмотрел компонент. При таком типе свойства используется специальная функция CIBlockPropertyHTML::GetPublicEditHTML. Значение поля приходит в виде многомерного массива типа array('VALUE'=>array('TYPE'=>'HTML', 'TEXT'=>$prop_value)), какой и нужен для метода CIBlockElement::SetPropertyValues(Ex). Решение на мой взгляд одно - кастомизация компонента. Сделать textarea и из значения этого поля формировать такой массив.