[QUOTE]заметили что в битриксе стал меняться состав заказа, в соответствии с изменениями внутри заказа в УТ[/QUOTE]
Так всегда и было.
[QUOTE]потом выявились чудеса, некоторые заказы начали перезаписываться таким образом, что состав заказа изменялся - убирались различные позиции из заказа. Кто может сказать с чем это связано?[/QUOTE]
Позиции могут "исчезать" из заказа, если в составе заказа переданного из 1С нет таких товаров (товаров с такими XML_ID). Ситуация может возникнуть, если товары создавать на сайте, а не в 1С, т.е. при этом один и тот же товар существует и на сайте и в 1С, но с разными XML_ID и это будет разными товарами.