У меня приблизительно та же проблема. Только с одним отличием у меня sitemap.xml открывается не совсем верный. А попытка его перезаписать средствами системы не дает результата т.к. создает как раз sitemap_index который в свою очередь ведет на sitemap_000. А вопрос в следующем. Что проиндексируется поисковиками sitemap.xml или желаемый и верный sitemap_000?