То есть, если обратиться к скрипту из комментария #20, то запись в access.log Nginx есть? При этом, в логе ошибок Apache существуют записи о Segmentation fault, для которых в access.log Nginx соответствий нет?
Если все так, то остаются лишь два случая:
1) Существуют ситуации, когда запросы уходят напрямую в Apache, минуя Nginx. Такие обращения может создавать система мониторинга (например, Nagios), или, если Apache и iptables настроены соответствующим образом, запросы могут приходить извне на другой порт.
2) Сомнительный вариант 2 из списка выше. Который, в свете имеющихся данных, перестает казаться таким уж сомнительным.
Что касается указанного участка конфигурационного файла Nginx — он нужен для построения графиков сервисом munin. Как видно из приведенных настроек, обращение к Apache в этом случае не происходит, потому, его можно не рассматривать. Лог access1.log пустой, так как сервис munin, вероятнее всего, отключен.