Как и ожидалось, ошибка сборщика мусора. Исправление было сделано недавно и лишь для версии PHP 5.6 alpha. В данном случае есть два пути решения:
[B]1) Простой и относительно быстрый.[/B]
Для воспроизведения ошибки нужны довольно-таки необычные условия. Замена хотя бы одной строчки из примера выше приводит к работающему коду. Это значит, что если чуть-чуть поменять проблемный код на сайте, ошибка перестанет себя проявлять.
Для того чтобы найти проблемный код, нужно обратиться к логу Nginx. В частности, необходимо найти все ссылки, для которых Apache возвратил код 502 и попробовать пройти по этим ссылкам. Если это действие приведет к Segmentation fault, необходимо последовательно комментировать участки кода вне ядра Битрикс (см. далее), пока Segmentation fault не перестанет происходить. Как только нужный участок кода будет найдет, необходимо переписать его другим образом.
Сомнительно, что проблемный код расположен в ядре Битрикс: эта ошибка PHP присутствует во всех версиях PHP и на всех платформах. В частности, я тестировал на: 5.3.10-1 x64, Ubuntu, 5.4.9-4 x64, Ubuntu, 5.3.3-27 i686, CentOS, 5.3.3-22 x64, CentOS. Если бы проблема таилась лишь в коде Битрикс, ее давно бы уже заметили.
[I]Плюсы такого подхода[/I]: можно решить проблему достаточно быстро.
[I]Минусы такого подхода[/I]: настоящая проблема (ошибка в интерпретаторе PHP) не решается, потому проблема может проявить себя снова (хотя шансы и невелики).
[B]2) Для сильных духом.[/B]
Заключается в том, чтобы разобрать rpm-пакет, сделать патч с исправлением для исходного кода PHP. Пересобрать rpm-пакет и заменить существующую версию PHP на исправленную. При этом, так как все будет сделано через rpm, возможность обновления PHP штатными средствами операционной системы не потеряются.
[I]Плюсы такого подхода[/I]: устраняется именно причина проблемы — ошибка в интерпретаторе PHP.
[I]Минусы такого подхода[/I]: после каждого обновления PHP патч придется делать заново, иначе проблема вернется. То есть, придется следить за обновлениями. Кроме того, выполнение всех необходимых действий займет довольно много времени: нужно будет поднимать еще одну виртуальную машину (желательно), перекомпилировать PHP, возиться с rpm и так далее.
Описание второго пути потребует довольно много времени, потому, смогу написать инструкцию только если этот подход точно будет выбран (свободного времени катастрофически не хватает, не хотелось бы его терять).
P.S. Сделал исправленный [url=https://dl.dropboxusercontent.com/u/64440251/php-5.3.3-27.el6.i686.rpm]rpm-пакет[/url] для текущей версии виртуальной машины Битрикс. Но там php-5.3.3-27, для вашего случая не подойдет.