похожая задача. пока делаю средствами API Bitrix. Для начала нужно перенести товары, затем создавать заказы (в качестве исходника я юзаю csv после перегона из xls-ки, которая является импортом из БД SQL старого сайта), затем созданные заказы наполняем товарами, затем обновляем суммы заказов.
заказы создаём с пом-ю CSaleOrder::Add
сами товары в заказы добавляем с пом-ю CSaleBasket::Add с указанным id-ником созданного заказа (ORDER_ID)