Это поле BLOCK_SECTION_ID в нём как раз-таки основной раздел если эта опция включена в настройках инфоблока, иначе просто раздел с минимальным ID. Для обновления используйте [URL=https://dev.1c-bitrix.ru/api_help/iblock/classes/ciblockelement/update.php]https://dev.1c-bitrix.ru/api_help/iblock/classes/ciblockelement/update.php[/URL]