Работает с слегка модернизированными bitrixvm4 - проблем нет. Но у нас меньше 200 пользователей, так что пока сказать трудно.
Но подозреваю, что будет быстрее, т.к. авторизацию пользователь проходит 1 раз при заходе, потом он работает по сессии.
Проверьте производительность AD сервера, может проблема еще и в нем?