Если есть модуль статистики, то можно через события. Для этого формируете url к файлу, примерно так:
/bitrix/redirect.php?event1=download_file&event2=[ИМЯ ФАЙЛА или любая другая информация]&goto=[ПУТЬ К ФАЙЛУ]
НО, насколько я знаю, события хранятся только определенное время, потом очищаются (время хранения настраивается в настройках модуля), так же если вы хотите выводить для пользователя кол-во скачиваний, то придется через API дергать нужные события, тут я не подскажу как, читайте документацию.
Если модуля нет, либо первый способ не нравится, то можно написать свой скрипт аналогичный redirect.php, и в нем фиксировать скачивание (например в элементе ИБ создать свойство, и делать ему +1, либо в файл писать, либо сделать таблицу в БД), а потом уже делать редирект на сам файл, вообщем посмотрите код redirect.php, там все просто.