Получается так: когда удаляешь все, и создаешь в 1С новую выгрузку, то выгружается все отлично. Потом вносишь в выгрузку изменения, выгружается полный каталог 10000+ позиций и все мимо разделов, а в настройках выгрузки стоит только один небольшой раздел.