Через API можно создать оплату, указать её статус (оплачено, не оплачено), взять информацию об оплате, в т.ч. сумму оплаты, однако, нет запроса на указание этой самой суммы оплаты.
А как такое получается, что сумма оплаченная по факту не соответствует сумме выставленного платежа? Это немного нелогично. Если это был платеж картой например по qr-коду, то ситуация невозможна. Если банковский перевод, то такие косяки вполне возможны, но и решать вопрос лучше через существующую интеграцию с платежной системой... Если это платеж наличными, то оператор его принимал и оператор создавал платеж уже зная, какую сумму возьмет.