Разрешается ли модификация шаблона .default?

Разрешается. Не убъёт.

Все, что в папке /bitrix/ и есть сразу после установки системы, редактировать нежелательно.

Иван, не совсем верно.

Итак, вы можете делать следующие изменения в папке /bitrix:

• Менять любое содержимое подпапки activities, кроме папки activities/bitrix (системные бизнес-процессы)
  
• Создавать свои элементы в папке admin (при написании собственных модулей), однако лучше дать им какой-либо префикс, чтобы они не перепутались со вновь создаваемыми модулями от компании Битрикс
  
• Менять любое содержимое подпапки components, кроме папки components/bitrix (системные компоненты)
  
• Менять любое содержимое подпапки gadgets, кроме папки gadgets/bitrix (системные гаджеты)
  
• Создавать свои папки внутри modules при создании модулей (однако не забывайте поставить в имя папки какой-либо префикс, чтобы она не перепуталась со вновь создаваемыми модулями от компании Битрикс)
  
• Менять любое содержимое подпапки php_interface, кроме заранее созданных файлов в php_interface/includes (при этом, там можно создавать свои элементы)
  
• Менять любое содержимое подпапки templates
  
• Менять любое содержимое подпапки themes, кроме папки themes/.default (системный шаблон админки Битрикса)
  
• Менять любое содержимое подпапки wizards, кроме папки wizards/bitrix (системные бизнес-процессы)
  

Фраза «менять любое содержимое ... кроме ...» означает, что можете создавать в указанных местах свои файлы и папки, однако старайтесь не трогать содержимое папок, на которые я указал отдельно, так как они меняются при обновлении Битрикса.