меню

Ну если так "в лоб" - то попробуйте парсить строку $arItem["LINK"], подставлять в конце index.php, в начале - $_SERVER["DOCUMENT_ROOT"], и проверять функцией file_exists().
А может, стоит задачу пересмотреть. Или попытаться найти другие варианты, более "красивые".

Кстати, если вы просто не хотите чтобы пользователь мог открыть этот раздел - то не стоит так делать, например, более продвинутые пользователи могут просто набирать адрес этого раздела, удаляя лишнее в URL. Или ссылка может попасть в поиск - тогда хуже.
В таком случае можно сделать из этого раздела редирект на другой раздел по смыслу (например, на первый подраздел).