Если в инфоблоке свойства созданы с порядковым id, например при автозагрузке создались свойства с id от 300 до 3000 то для удаления свойств инфоблока c id от до подойдёт следующий вариант
Код
CModule::IncludeModule("iblock");
for ($arr = 300; $arr < 3001; $arr++) {
{
CIBlockProperty::Delete($arr);
}
echo ', Удалено свойств: '.$arr; //можно исключить из кода, выводит результат с удалёнными id свойств
}
Где 300 это значение первого id удаляемого свойства, 3001 - id до которого надо удалять свойства. Таким образом данная команда удалит все свойства инфоблока с id от 300 до 3000 включительно.
Удобно запускать удаление прямо через командную PHP строку прямо в админке сайта /bitrix/admin/php_command_line.php