При этом если в файле /etc/mysql/conf.d/z_bx_custom.cnf есть какие-то настройки, то они имеют более высокий приоритет перед /etc/my.cnf
Как пример если в
/etc/my.cnf
будут настройк
innodb_log_file_size = 96M
а в файле /etc/mysql/conf.d/z_bx_custom.cnf
будут настройки
innodb_log_file_size = 512M
То сервер будет запущен с innodb_log_file_size = 512M
И так же стоит учесть что если в
/etc/my.cnf
будут настройки
thread_pool_size = 16
а в /etc/mysql/conf.d/z_bx_custom.cnf вообще не будет такой настройки, то сервер будет использовать параметр thread_pool_size = 16
И еще если ни в одном из файлов не будет например той же thread_pool_size, то сервер может запуститься с дефолтными значениями этого параметра. Но это вроде не всех параметров касается... Тут поправьте, кто лучше в вопросе разбирается.