При ошибке выдачи сертификата, стоит ещё проверить директиву "include bx/conf/letsencrypt-challenge-tokens.conf;" в конфигах nginx для домена, а именно bx_ext_site.ru.conf и bx_ext_ssl_site.ru.conf по пути "/etc/nginx/bx/site_avaliable/". Также при выдаче сертификата через меню bitrix не всегда добавляется эта директива во второй конфиг, просто добавьте её вручную и перезагрузите nginx - "systemctl restart nginx", либо мягкая перезагрузка "systemctl reload nginx", перед перезагрузкой, обязательно проверяйте на ошибки "nginx -t". Для удобства если надо быстро по одному домену выдать сертификаты, сделал алиас для dehydrated - "ln -s /home/bitrix/dehydrated/dehydrated /usr/local/bin/dehydrated", после этого для выдачи сертификата достаточно просто в консоли ввести "dehydrated -c -d site.ru".