Вы пользуетесь решением? Я с ним не работал, но предположу, криво задано значение migration_dir в migrations.cfg.php. Что там сейчас? Вообще, проще спросить у разработчиков.
Хм... Если каждые 15 минут, возможно отрабатывает какой-то агент. Поищите в агентах строчку с периодом около 54000 (15 минут). Если есть, отключите его, посмотрите как изменится ситуация.
Это от модуля зависит, может быть и так, и так. Если у вас разные канторы, лучше наверное отдельную установку делать, иначе в админке будет каша из ваших данных и данных партнера. Но тогда нужна отдельная лицензия.
Обычно статику (в частности jpеg) отдает nginx напрямую, без обращения к бекенду (к битриксу). Nginx ищет файл с таким именем, не находит его и возвращает 404. Вам нужно в nginx добавить правило для направления адресов типа /library/([a-z-|_]+)/([a-z-|_0-9]+).jpeg(\\?(.*)) на бекенд.