там вроде ключи изменились https://dev.1c-bitrix.ru/learning/course/index.php?COURSE_ID=43&LESSON_ID=12183#iblock_18_6_200 Но у меня есть большое подозрение, что все равно SubQuery не будет подцеплять таблицы каталога. Это только подозрение, досконально логику работы GetList тяжело в голову уложить, он обширный, могу ошибаться. Но, похоже, подключать или не подключать модуль торгового каталога решается по ключам основного фильтра, а при обработке SubQuery ключи на вхождение CATALOG не проверяются.
Вроде частично нашел как заставить работать, но не понятно поведение и опять же проблема. Если убрать из общего фильтра проверку на активность начинает работать, но в каталоге есть деактивированные товары и уже тогда они начинают попадать на вывод.