,Ну в принципе, оно по идее и должно писать такой id. Так как сама система у Вас стоит на первом сайте, то и письмо отправляет первый сайт. А вот как это обойти - подсказать не могу.
Ну если движок битрикс позволяет многосайтовость, то наверное должны были подумать об отправлении почтовых событий с разных сайтов. Наверняка где то как то настраивается это, вот только я никак не могу понять где и как (((