Чтобы фильтр обновился, нужно пересоздать фасетный индекс. Помог такой код:
[CODE]CModule::IncludeModule('iblock');
Bitrix\Iblock\PropertyIndex\Manager::DeleteIndex($iblockID);
Bitrix\Iblock\PropertyIndex\Manager::markAsInvalid($iblockID);
[/CODE]
[CODE]CModule::IncludeModule('iblock');
Bitrix\Iblock\PropertyIndex\Manager::DeleteIndex($iblockID);
Bitrix\Iblock\PropertyIndex\Manager::markAsInvalid($iblockID);
[/CODE]