В зависимости от того, какая конфигурация, при технической возможности забираем дополнение модуля обмена с сайтом ([url]http://1c.1c-bitrix.ru/ecommerce/download.php[/url]), обновив тем самым свою конфигурацию до релаза, на который необходимо устанавливать дополнение, затем читаем статью про дерево каталогов (почитать, например, тут [url]http://1c.1c-bitrix.ru/blog/blog1c/addon_for_ut111111_whats_new.php[/url]) и получить нужную структуру каталога для выгрузки на сайте.