Либо вы что-то не так говорите, либо я что-то не понимаю.
Если вам потребуется перенести сайт, вы сделаете бэкап в одном месте, восстановите в другом, убъете первый сайт и все это на одном ключе.
Для разработки можно брать бэкап на локалку, выкидывать из него ключ и спокойно разрабатывать, но опять же на восстановление сайта из бэкапа это не влияет.