Хабр не особо открывается, так что непонятно что там понаписали.
Вообще-то обычно флеш SWFObject-ом добавляется примерно так:
[CODE]
<div id="flash">
Alternative content
<script type="text/javascript">
/*<![CDATA[*/
var so = new SWFObject("/images/splash.swf", "mymovie", "800", "273", "7", "#fff");
so.addParam("wmode", "opaque");
so.write("flash");
/*]]>*/
</script>
</div>
[/CODE]
Как видите, дополнительные параметры задаются довольно просто. В вашем случае можно попробовать добавить этот параметр примерно так
<param name="wmode" value="opaque" />
до строки
<param name="movie" value="<?=SITE_TEMPLATE_PATH?>/swf/main_banner.swf" />
И я бы не рекомендовал использовать wmode=transparent, без лишней на то необходимости, т.к. тогда флешка значительно больше грузит браузер. Если не нужна прозрачность флешки достаточно wmode=opaque