Как минимум дважды произойдёт апдейт БД магазина. Например, у вас написан код, который будет ждать опледелённых данных в $arResult, а их больше не будет. Вот и проблема.
Если вы используете только стандартные компоненты и работаете только через админку ничего не кастомизировав, то всё будет хорошо. Но всё же стоит сделать резервную копию.
Если вы используете только стандартные компоненты и работаете только через админку ничего не кастомизировав, то всё будет хорошо. Но всё же стоит сделать резервную копию.