Нужно скопировать используемый шаблон компонента в шаблон сайта.
Например из
/bitrix/components/bitrix/компонент/templates/
в
/bitrix/templates/шаблон_сайта/components/bitrix/компонент/
Теперь будет задействован не системный шаблон, а ваш, вынесенный в шаблон сайта и при обновлении слетать ничего не будет.