Здравствуйте, этот чудесный скрипт делали вы? Что значит почистить память? Можно удалить переменные, которые вы задействуете в итерациях, но думаю, вам это не поможет. Надо переделывать логику, хранить полученные данные в промежуточных хранилищах(сесии, файлы, куки, бд) и оптимизировать скрипт. А вообще это вопрос не по битриксу, а по php