Общая архитектура классов API для работы с базами данных:

• Пул соединений Bitrix\Main\Data\ConnectionPool управляет соединениями, параметры которых настроены в файле настроек .settings.php. В пуле есть соединение по умолчанию и может быть набор дополнительных именованных соединений. Например, соединений к другой базе данных.
• Конкретные классы соединений наследуют абстрактный класс Bitrix\Main\DB\Connection. Для разных типов баз данных реализованы разные конкретные классы.
• Конкретные классы формирования SQL запросов, наследующие Bitrix\Main\DB\SqlHelper. Они помогают сформировать запрос не опускаясь до синтаксиса конкретной базы данных.
• Конкретные классы для работы с результатом выполнения запроса, наследующие Bitrix\Main\DB\Result.

Эти классы позволяют работать с базами данных на низком уровне, но это необходимо в небольшом числе случаев. Предпочтительно работать через ORM, которая позволяет программировать только на уровне бизнес-логики.

Получить соединение можно через приложения, которое, кроме всего прочего, является точкой входа. С этой точки входа можно получить экземпляры "звездных" объектов для данного приложения, которые нужны всем (или почти всем) страницам или компонентам данного приложения.

$connection = Bitrix\Main\Application::getConnection();
$sqlHelper = $connection->getSqlHelper();

$sql = "SELECT ID FROM b_user WHERE LOGIN = '".$sqlHelper->forSql($login, 50)."'";

$recordset = $connection->query($sql);
while ($record = $recordset->fetch())
{
	***

Соответственно, через приложение выполняется запрос в разной форме: просто запрос, запрос с указанием лимита на записи, скалярный запрос либо запрос "вообще".

$result1 = $connection->query($sql);
$result2 = $connection->query($sql, $limit);
$result3 = $connection->query($sql, $offset, $limit);

$cnt = $connection->queryScalar("SELECT COUNT(ID) FROM table");

$connection->queryExecute("INSERT INTO table (NAME, SORT) VALUES ('Название', 100)")

$connection = Bitrix\Main\Application::getConnection();
$sqlHelper = $connection->getSqlHelper();

$sql = "SELECT ID FROM b_user WHERE LOGIN = '".$sqlHelper->forSql($login, 50)."' ";

$recordset = $connection->query($sql);
while ($record = $recordset->fetch())
{
	***

Типизированные данные возвращаются сразу в виде типа, а не в виде строк или чисел.

Модификация результата:

$connection = \Bitrix\Main\Application::getConnection();
$recordset = $connection->query("select * from b_iblock_element", 10);
$recordset->addFetchDataModifier(
	function ($data)
	{
		$data["NAME"] .= "!";
		return $data;
	}
);

while ($record = $recordset->fetch(\Bitrix\Main\Text\Converter::getHtmlConverter()))
	{
		$data[] = $record;
	}

Результат можно модифицировать, применить конвертер к результатам сразу, например, подготовить к выводу в XML, и так далее.

При проектировании своей БД возникает вопрос, какой тип данных использовать: datetime или timestamp? При работе с БД приведение времени к GMT является минимально необходимым. Чтобы меньше зависеть от настроек сервера, лучше использовать datetime. В этом случае текущее значение времени придется получать на PHP.

В рамках работы ORM можно работать с несколькими базами данных. Для этого в файле /bitrix/.settings.php в секции connections создается несколько записей для работы с базой:

'default' =>
	array(
		'className' => '\\Bitrix\\Main\\DB\\MysqlConnection',
		'host' => 'localhost', 
		'database' => 'site', 
		'login' => 'user', 
		'password' => 'passwd',
		'options' => 2,
	),
'old_db' =>
	array(
		'className' => '\\Bitrix\\Main\\DB\\MysqlConnection',
		'host' => 'localhost',
		'database' => 'old_db',
		'login' => 'user',
		'password' => 'passwd',
		'options' => 2,
 ), 

Таким образом подключены 2 базы: default (по умолчанию Bitrix Framework использует это подключение) и old_db (указаны параметры подключения ко 2-й базе данных). Обращаться к old_db нужно так:

$connection = Bitrix\Main\Application::getConnection('old_db');
$sqlHelper = $connection->getSqlHelper();

$sql = "SELECT ID FROM b_user WHERE LOGIN = '".$sqlHelper->forSql($login, 50)."' ";

$recordset = $connection->query($sql);
while ($record = $recordset->fetch())
{
	*** 

В параметре include_after_connected можно указать путь к файлу, который будет подключен и выполнен после первого соединения с дополнительной БД:

'old_db' => array(
	'className' => '\\Bitrix\\Main\\DB\\MysqlConnection',
	'host' => 'localhost',
	'database' => 'old_db',
	'login' => 'user',
	'password' => 'passwd',
	'options' => 2,
	'include_after_connected' => $_SERVER["DOCUMENT_ROOT"].'/local/php_interface/after_connect_d7_old_db.php',
),

Сам файл after_connect_d7_old_db.php

<?
$connectionOld = \Bitrix\Main\Application::getConnection("old_db");
$connectionOld->queryExecute("SET NAMES 'utf8'");
$connectionOld->queryExecute("SET collation_connection = 'utf8_unicode_ci'");
?>

Для привязки сущности ORM к конкретному соединению переопределите в своем *Table классе метод Bitrix\Main\ORM\Data\DataManager::getConnectionName().

В редких случаях возникает необходимость подключения баз данных к которым невозможно использовать встроенный драйвер для PHP (например, у заказчика чрезвычайно устаревшая (или наоборот, слишком свежая) версия СУБД. Чтобы добавить в Bitrix Framework поддержку нового типа БД, необходимо:

• Создать класс подключения (наследник Bitrix\Main\DB\Connection). В нем определить все базовые операции с БД: подключение, отключение, выполнение произвольного запроса, работу с транзакциями.
• Создать класс SQL-хелпер (наследник Bitrix\Main\DB\SqlHelper) и возвращать его экземпляр в методе createSqlHelper. Класс предназначен для самой низкоуровневой работы с БД: добавляет экранирование, работает с датами, предоставляет доступ к базовым SQL-функциям и так далее.
• Создать класс для результата выборки (наследник Bitrix\Main\DB\Result). В нем требуется определить методы-обертки над традиционными функциями работы с результатом выборки.