Для переноса master сервера MySQL на другую машину необходимо:

• Выбрать пункт меню 3. Configure MySQL servers > 5. Change master MySQL server.
  Примечание: Данный пункт меню появится только тогда, когда будет создан хотя бы 1 slave-сервер MySQL с помощью меню 3. Configure MySQL servers > 4. Create slave MySQL server.

• Ввести имя хоста для будущего master сервера MySQL из списка доступных slave (например server2):

  

• Подождать, пока задача по смене master cервера MySQL будет закончена.
• В итоге серверы MySQL станут: master (server2) и два slave (server1 и server3):

  

Таким образом, мы перенесли master сервер MySQL с машины server1 на server2.